De derde bouwfase
(1727-1828)
De bekroning

Rampspoed van de Zwolse torens
De blikseminslag in de toren van de Grote- of St. Michaëlskerk in 1669 had grote gevolgen voor die 115 meter hoge toren. Ze was dusdanig beschadigd, dat besloten werd de hele toren af te breken. Daardoor was de Onze Lieve Vrouwetoren plotseling van groter belang geworden voor de verdediging van de stad. De kerk werd niet meer voor de eredienst gebruikt sinds 1591. In de kerk werd een werkplaats ingericht voor de orgelbouwers Schnitger tussen 1718 en 1721 voor de bouw van het grote orgel in de St. Michaëlskerk. Ook deed het gebouw dienst als opslagplaats voor legervoertuigen, karossen en als opvangplaats voor door watersnood getroffen boeren. Eerst in 1809 kreeg het gebouw zijn functie als gebedshuis weer terug. De toren was in 1727 van een uivormige kap voorzien.
15 januari 1815
Evenals de toren van de Grote Kerk werd ook de Onze Lieve Vrouwetoren in januari 1815 door de bliksem getroffen. De uivormige kap, de lantaarn en een gedeelte van de bovenste geleding van de romp werden verwoest. Jarenlang lag de toren open als een 'zuurkoolvat'. Twee van de drie nog aanwezige van Wou-klokken waren met een razende vaart door het dak van de kerk gekomen. Het pas in 1813 aangekochte Brunswickorgel in de O.L.V.kerk werd danig beschadigd.De klokken werden omgegoten. Het orgel en dak gerepareerd.

Herman Klinkert
Nadat de toren 13 jaar open was geweest werd in 1828 aan Stadsarchitect Herman Klinkert de opdracht gegeven om de toren met lantaarn weer op te bouwen en van een koperen koepelvormig dak te voorzien. Deze bekroning leverde de toren de bijnaam Peperbus op, waar Zwolle nu nog trots op is.
De bouwgeschiedenis van de Onze Lieve Vrouwetoren